1699 - Louis XIV fit l'acquisition de la « plaine de Loupessac », qu'il fait enclore de murs. Ferme royale comme il en existait tout autour du Château, Loupessac servait aussi de terrain de chasse. Il reste de cette époque, outre le mur, un « bassin sec », visible au niveau des marronniers à fleurs rouges (n°26), qui servait alors de réservoir pour les eaux captées dans la forêt de Marly. Ces eaux alimentaient le Grand Canal du Parc de Versailles.1759 - Création de l'Ecole de Botanique de Trianon, dont Bernard de Jussieu était le démonstrateur.

1922 - M. Chaussemiche, conservateur du Domaine de Versailles et architecte au Muséum, dessine un plan dit « Jardin de Jussieu ». En effet, les scientifiques effectuaient depuis longtemps des démarches auprès des autorités pour créer une annexe du jardin des Plantes qui permette au Muséum de posséder des collections ligneuses importantes.

1924 à 1940 - Les plantations commencent dans la partie sud du domaine. C'est la zone que l'on visite actuellement, avec ses alignements d'arbres et ses regroupements systématiques, c'est à dire par affinités botaniques.

1940 à 1960 - Les plantations sont interrompues, le domaine est à l'abandon. 2000 parcelles de petits jardins sont attribuées aux habitants de Versailles. Deux tiers des arbres disparaissent alors.

1960 - Un nouveau plan de plantation, plus scientifique et plus rigoureux, est établi. Le terrain est divisé en zones géographiques et zone horticole. Pour chaque espèce susceptible de pousser en région parisienne, un emplacement précis a été prévu sur le terrain on sait ce que l'on veut planter et où le planter. La seule inconnue est quand la plante sera t-elle installée.

1977 - Ouverture au public, avec l'aide de l'Agence des Espaces verts de la Région Ile de France, des collectivités locales et du Ministère de l'Environnement.

1999 - Lors de la tempête de décembre, l’Arboretum déplora de nombreuses pertes (environ 1100 arbres) dont certains remarquables, comme le Sophora du japon planté sous Jussieu, le Sapin géant, le Cèdre de Chypre...